Il complesso museale è costituito dalla Chiesa di San Francesco (XIV secolo), dalla Pinacoteca, dal Lapidario, dalle Cantine dei Frati e da spazi espositivi per mostre temporanee.
La chiesa, ora sconsacrata, conserva numerosi affreschi che nel complesso rappresentano un interessante spaccato della cultura figurativa umbra tra XIV e XVI secolo; di particolare rilievo il ciclo absidale con Storie della vita di San Francesco di Benozzo Gozzoli (1452) e una Natività del Perugino (1503). Sempre al Gozzoli sono da attribuire gli affreschi della cappella di San Girolamo (1450-1452), nella navata destra.
La Pinacoteca, sistemata negli ambienti dell’antico convento, presenta opere provenienti da San Francesco e da altre chiese del territorio. Niccolò Liberatore, Antoniazzo Romano (XV secolo) e il pittore montefalchese Francesco Melanzio (XV secolo) sono tra gli artisti rappresentati.
Il suggestivo Lapidario, sistemato nella cripta semicircolare sottostante all’abside centrale, presenta fra le altre opere una grande statua romana di Ercole.
L’ampliamento degli spazi espositivi, inaugurati il 13 aprile 2006, rappresenta un importante traguardo e rende il Complesso Museale di San Francesco il primo museo storico della Regione Umbria ad avere al suo interno spazi dedicati anche a mostre di arte contemporanea.
Le antiche Cantine sono state allestite con materiali del XVIII e XIX secolo legati alla lavorazione delle uve e alla produzione vinicola.
L’orario di apertura del Complesso Museale di S.Francesco è il seguente:
Novembre-Febbraio 10.30-13.00/14.30-17.00
Marzo-Maggio e Settembre-Ottobre 10.30-13.00 / 14.00-18.00
Giugno-Luglio 10.30-13.00 / 15.00-19.00
Agosto 10.30-13.00 / 15.00-19.30
chiusura il Lunedì
Costo del biglietto: intero € 5,00; ridotto A € 3,00 (soci Touring Club, 19-25 anni, gruppi superiori alle 20 persone); ridotto B € 2,00 (10-18 anni); gratuito (giornalisti, soci ICOM, bambini sotto i 10 anni).