La maggior parte dei reperti proviene da scavi ottocenteschi effettuati nelle necropoli etrusche del perugino e condotti da vari studiosi che nel corso del secolo si alternarono alla direzione. A loro si devono importanti acquisizioni quali il sarcofago dello Sperandio e i bronzi arcaici di Castel San Mariano.
Una consistente quantità di reperti preistorici, dovuta all’acquisto di una collezione privata e a campagne di scavo, incrementa, fin dai primi anni del Novecento, la consistenza del museo.
Dal mese di aprile 2009 il Museo è profondamente rinnovato nei percorsi e nei contenuti.
Nel chiostro del convento, in un ambiente sotterraneo, è stata ricostruita la tomba etrusca dei Cai Cutu (III – I secolo a. C.), con la collocazione originale degli arredi funerari, soluzione di grande effetto per il visitatore.
Lungo le pareti del chiostro sono state collocate numerose urne provenienti dalle necropoli ellenistiche di Perugia e reperti romani, oltre ad urne cinerarie etrusche.
Sullo stesso piano è allestita la Collezione Bellucci, la più ricca e organica raccolta di amuleti, oggetti terapeutici e strumenti magico-religiosi prodotti e utilizzati all’interno della fascia folclorica italiana.
Significativa la sezione preistorica, che procede dalla comparsa dell’Homo Sapiens, ed è corredata da supporti multimediali interattivi che consentono approfondimenti sul tema delle origini dell’uomo.
Il percorso cronologico conduce poi al Salone Umbri ed Etruschi, dove sono esposte le sopra citate lamine bronzee di Castel San Mariano e i vetri multicolore provenienti da Todi. Una sala è inoltre riservata alle necropoli perugine, da cui provengono manufatti di estremo valore come il sopra citato sarcofago dello Sperandio.
Un ambiente a parte è dedicato al “cippo perugino”, simbolo della Perugia etrusca, ed oggetto di particolare valorizzazione per il notevole rilievo storico-archeologico.
